Con la riforma regionale, la struttura dei consorzi è stata ulteriormente semplificata e si base su due soli organi principali, l’Assemblea ed il Presidente, a cui si aggiungono il vicepresidente e l’ufficio di presidenza in funzione di supporto e il Revisore dei Conti quale organo di controllo.

Assemblea consortile (L.R. 79/2012, artt. 14, 15, 16) 
E’ l’organo fondamentale del Consorzio; approva gli atti fondamentali dell’Ente (Statuto, Piano di Classifica, Piano delle Attività di Bonifica, bilanci, regolamenti interni), elegge il Presidente e vigila sull’operato di quest’ultimo.
E’ composta da 26 membri, di cui 15 eletti con le elezioni consortili e 11 nominati da Enti pubblici.
I membri eletti, che sono scelti direttamente dai consorziati che pagano il tributo, sono quindi il 58% del totale.
Il Rappresentante della Regione viene nominato dal Consiglio Regionale; i rappresentanti delle Province sono Presidenti di Provincia il cui territorio ricade anche parzialmente nel comprensorio e vengono nominati dal Consiglio per le Autonomie Locali; anche i rappresentanti dei Comuni e dei Comuni montani vengono nominati dal Consiglio per le Autonomie Locali tra i Sindaci.
Ai membri dell’Assemblea non spetta alcun compenso.
Ai membri dell’Assemblea residenti in un comune distante almeno 10km dalla sede dell’Assemblea vengono rimborsate le spese di viaggio documentate.

Presidente (L.R. 79/2012, art. 17)
Il Presidente viene eletto dall’Assemblea tra i propri membri, senza distinzione tra eletti e nominati. Il Presidente è l’organo esecutivo del Consorzio e ne è il rappresentante legale; approva tutti gli atti che non siano riservati all’Assemblea. Una volta eletto, il presidente può essere confermato una sola volta (cioè, può svolgere al massimo due mandati consecutivi).
Il Presidente percepisce un’indennità che non può superare quella di un sindaco di un comune di 30.000 abitanti, vale a dire circa €33.500 lordi all’anno, suddivisi in 12 mensilità. Come per le indennità dei sindaci, non si tratta di uno stipendio quindi non sono previsti contributi, ferie, straordinari, ecc. La cifra di €33.500 si riferisce al totale prima della tassazione; l’importo netto dell’indennità dipende quindi dal reddito complessivo del Presidente e quindi dall’aliquota IRPEF applicata.

Vicepresidente e ufficio di presidenza (L.R. 79/2012, art. 17)
Il Presidente è assistito nel suo operato da un vicepresidente e da un ulteriore membro dell’Assemblea, che insieme al Presidente, formano l’Ufficio di Presidenza. Entrambe le figure vengono elette dall’Assemblea al proprio interno. Il Vicepresidente sostituisce il Presidente in caso di assenza o temporaneo impedimento di quest’ultimo.
Ai membri dell’Ufficio di Presidenza, ad esclusione del Presidente, spetta un gettone di presenza non superiore a €30,00 lordi per ogni seduta.

Revisore dei Conti (L.R. 79/2012, art. 18)
Il Revisore Unico è nominato dal Consiglio Regionale tra gli iscritti nel registro ufficiale dei revisori dei conti. Il Revisore dura in carica cinque anni e può essere confermato una sola volta. Al Revisore è corrisposta un’indennità pari al 7% dell’indennità percepita dal Presidente della Giunta Regionale.